ちゅうのをやってるわけですがぁ。『アンインストールしても、Mobile側のレジストリを全部残す』という仕様にしてくれと言われて苦戦中です。（素直に作ると、さっくりきれいさっぱり削除してくれるのにぃ。その方が美しいのにぃ！）
普通のWindows用のインストーラなら、UIで設定できちゃうんですけども、これがMobileインストーラ作成時のレジストリUIにプロパティ設定ができない仕掛けになってますの。なので、DLLかなんかでレジストリを削除しないようになんか仕掛けを組み込まないといけない雰囲気でございましてですね。で、手元にある開発環境でそれができるんかどうか、ちょっと不安な状況なんでございます。C#2.0で.NetCompact Framework 1.0用のDLLを作ってみたんですけど、うまくインストーラに組み込めなかったんですよねぇ…。とほほ…。